コメント欄に返事を書いていくと読みにくくなりそうなんでエントリで反応していきますね。
タイトルも長すぎたのでちょっと縮めましたがな。
結局はどのくらいの出力を目標とするか、で選ぶ仕様が変わってくると考えていいと思います。出力を上げ、完璧に制御しようと思ったらそれなりの手間隙技術が必要になるってコトでしょうね。（僕はソコソコで妥協しますぅ…そのうちねぇ）
400ps以上を狙うなら、ハヤブサが現実的な選択です。
300ps前後ならばZX12RやZZR1200が良いでしょう。R1の場合、250psは苦しいでしょう。これ以上出そうとすると、エンジンをどうやって補強するかが問題になってきます。クランクケース剛性を上げるのはかなり困難です。
まず、僕のハヤブサの仕様ですが、シリンダにゲタ履かせて圧縮比を落としてます。
2mmのスペーサーが入っていますので……えー
ボア×ストローク:81.0×63.0mm，圧縮比:11.0がノーマルですんで誰か計算して。
まあそんな具合です。
ゲタ履かせると、当然エンジン高も上がりますから、バイクによってはフレーム加工が必要になったりします。却って手間がかかってしまう場合もあるので、そのへんはバイク次第、狙う出力次第ってことかな。
タイミングチェーンが引かれる分、バルタイが変わってしまうので、カムのギヤの焼き嵌めを抜いて入れなおしています。ギヤがボルト止めだったら長穴加工できるんですが、最近のバイクはボルト止めって少ないんですよね……。

過給圧は12psi（0.85kg/cm^2）だって言ってます。…信用できませんが、とりあえずNLRのダイノチャートはこんな感じ
個人輸入したMC-XpressキットをつけたNOIZへ伺ったところ「2kgかかってた」と言ってましたが…　むうぅ。どこをどんな機器で測定したかまでは確認していないので参考値。
本家の方は「世界最凶仕様」に夢中で、エントリーレベルのキットなんて資料もなく、扱いが冷たいでつ。
レスポンスに関しては、全く文句はありません。もっとターボラグがあるかと思いましたが、全く感じません。そりゃあ慎重に乗り比べれば違うんでしょうが「これがターボラグか」と気になったことはないですね。多分レスポンスってのはむしろクランクマスの方が影響が大きいんでしょう。
ですから「過給圧をあまり上げずに扱いやすく」というのは僕も考えていましたが、必要を感じないんですよね。もしかするとターボが効く前に十分速いからかもしれない。
リッターバイクであれば最大出力をどこに置くか、ってのを考えるだけでいいカモ。
あー、ところで、考えてみればあんまり念入りにお金かけてオーバーホールするくらいなら、新車買っちゃった方が安いんですよね。
僕は諸経費込みで80万で中古を買いましたが、これでオーバーホール代金が30万もするくらいなら年度落ちの新車買った方がいいですもんね。
何につけるかにもよりますが、現行車をなんとかしようとお思いの方は、一度よく考えた方が良いと思います。
そうそう、自作のターボを載っけちゃった人のサイト、見つけました。モンキーターボなんて凄過ぎる人は恐れ入ってしまいますが、この人のは、「俺もがんばろう！」という気になってきます。多分、探せばもっとやってる人はいるんでしょうね。
http://members.optusnet.com.au/turbogsxr/mybike.html